As coleções do museu de Coimbra espelham a riqueza da Igreja e a importância do mecenato régio às quais se devem muitas das suas obras de arte e alfaias religiosas de maior valia.

A escultura monocromática ou policroma, em madeira e pedra, ocupa lugar cimeiro, ilustrando com numerosas obras-primas o trabalho das melhores oficinas flamengas e também a evolução das escolas portuguesas da Idade Média ao século XVIII. Ainda assim, os núcleos de pintura, ourivesaria, cerâmica e têxteis, impõem-se com igual importância e representatividade para a arte importada e a produção nacional.

Distinguem-se ainda as coleções arqueológicas provenientes da cidade e as de arte oriental.