A Igreja de São Miguel do Castelo integra-se num dos mais importantes conjuntos monumentais do país, no mesmo núcleo que o Castelo de Guimarães e o Paço dos Duques de Bragança.

Uma corrente historiográfica nacionalista perpetuou a lenda de que foi nesta Igreja que teve lugar o batismo de D. Afonso Henriques. Esta mesma lenda, ao exaltar a sua ancestralidade, recuava também a datação do templo que atualmente subsiste. Por esta via, a tardo-românica Igreja de São Miguel teria feito parte do primitivo complexo palatino de D. Mumadona Dias, na viragem do século IX para o X, e teria permanecido como principal templo da Guimarães condal, ao tempo de D. Henrique e de D. Teresa.

Afastada esta linha de interpretação, a atual Igreja é um edifício do século XIII, construído durante as primeiras três décadas desta centúria e em condições particularmente difíceis para os seus promotores. Longe de qualquer época de pretenso esplendor condal, a sua edificação aconteceu por iniciativa da Colegiada de Guimarães, quando da querela entre esta instituição e o poderoso arcebispo de Braga.

Manuel Monteiro, um dos nossos principais estudiosos da Arte Românica, ao realçar a simplicidade da Igreja, concluiu que se trataria de uma construção, em certa medida, ilegal. Aparelho de silhares pouco cuidados, quase total ausência de decoração, aspeto demasiado compacto dos muros, iluminação escassa, proporcionada por estreitas frestas, e planta muito simples, composta unicamente por nave única e capela-mor justaposta, são indicadores desse carácter ilegal, à margem da ação promotora e normalizadora do arcebispado de Braga. Tal facto, contudo, não impediu que o templo tenha sido sagrado pelo próprio arcebispo em 1239.

Em ruína quase total nos anos 70 do século XIX, uma comissão de habitantes notáveis de Guimarães, reunidos em torno da Sociedade Martins Sarmento, procedeu a uma ação de restauro, que manteve as características essenciais que adquiriu ao longo da época moderna. Entre 1938 e 1940, a Direção Geral dos Edifícios e Monumentos Nacionais empreendeu aqui uma das suas primeiras ações de restauro, de acordo com as teorias de unidade de estilo então em voga. Todos os elementos não-medievais foram suprimidos, especialmente os altares barrocos da nave. De entre as numerosas obras então efetuadas, salienta-se ainda a supressão do campanário, o entaipamento de portas e de janelas aleatoriamente abertas no século XIX, ou a colocação dos modilhões que suportam o tímpano do portal principal.